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南宮電気鉄道は大正１２年６月２２日に設立された黒野軌道に始まる。
　
　この地方の要所である玉名市と黒野地方を鉄道で結び、黒野地方における交通の利便向上および米を中心とした農作物の輸送を目的に創設された鉄道である。
　
　路線計画は黒野から東関屋へ向かい、東関屋で国営鉄道と連絡後、街道沿いを走り玉名市街中心部を経由して再度、国営鉄道中里駅に至る計画であった。玉名市中心部を通る区間は当初、旧街道上を併用軌道で建設する計画であったが、道路幅が狭いため新たに建設中の国道上を走ることとなった。一方、中里駅に至る区間は玉名市の駅前開発計画に基づいて建設する事となり早急の建設を見合わせている。このような経緯から黒野～新座町間が大正１５年１１月２９日に開業した。（新座町～中里間は玉名市の都市計画の遅れから建設されることはなく免許が失効している。）

　開業後の経営は旅客・貨物とも順調で白山までの路線延長が早くも計画された。この白山延長線（白山線）は昭和１３年１０月２０日に開業、同時に進められていた東関屋駅の改良工事も完成し黒野～西野町間を地方鉄道に変更した。昭和１９年３月１日、黒野～湯の原温泉間に鉄路を持つ湯の原温泉電軌（当時、別所町～湯の原温泉間は営業休止中）、および三ヶ野鉄道（貨物営業のみ）を合併した。昭和２６年１２月１日、休止中の別所町～湯の原温泉間（併用軌道区間）を正式に廃止とし、別所町駅を移転の上別所駅と改名、新たに別所～西別所間を建設して開通した。昭和４２年１２月７日には湯の原温泉への観光誘致および観光客の利便向上を図るために、新座町～西別所間に別所線直通列車の運転を開始し、利用客から「温泉電車」の名称で親しまれた。また、昭和５０年には風光明媚な南宮地区の貴船まで路線を延ばし、社名を南宮電気鉄道と改称した。

　その後モータリゼーションの影響をうけ、併用軌道区間である新座町～西野町間の道路渋滞が激しくなり、列車の定刻・安全運行に支障をきたすことから昭和６３年６月１日にこの区間を廃止した。
　平成に入り路線の近代化に着手し、まず貴船線が単線自動化された。また、玉名市の都市計画に基づく国営鉄道・玉名（旧中里）駅連続立体化工事、および西野町～玉名間建設工事が平成１４年７月１５日に完成したことで、創設当時からの悲願であった玉名駅乗り入れが実現した。